La instrucció del cas Koldo ha provocat una disputa entre la Fiscalia Europea i l’Audiència Nacional. Ismael Moreno, el jutge que instruïa fins ara la causa, s’oposa al fet que sigui la Fiscalia Europea la que assumeixi les competències i plantejarà un conflicte de competència davant el Tribunal Suprem.

El jutge pren aquesta decisió després que divendres passat la Fiscalia Anticorrupció demanés que fos l’Audiència Nacional la que investigués "els delictes que van donar origen a les presents diligències prèvies, amb els seus corresponents contractes". La decisió de l’òrgan europeu es basava en l’ús de fons de la UE en alguns contractes adjudicats. Així, serà l’alt tribunal el que dirimirà quin òrgan és el competent per investigar.