El reglament del Parlament permet celebrar votacions secretes si és acordat pel ple "a sol·licitud de dos grups parlamentaris o d'una cinquena part dels seus membres".

Aquest tipus de votacions es poden fer de tres maneres: mitjançant paperetes, a través de boles blanques i negres (en cas de qualificacions d'actes o conductes personals) o bé mitjançant el sistema electrònic, però desconnectant el marcador perquè no quedi constància del sentit del vot individual.

Això és el que diu l'article 99 del reglament, que regula les votacions secretes:

1. La votació secreta es pot efectuar:

a) Mitjançant paperetes, si el president ho decideix, si s'ha especificat així en la sol·licitud de vot secret o quan es tracta d'elegir persones, tret que sigui aplicat el que es disposa a l'apartat 3.

b) Mitjançant boles blanques i boles negres, per qualificar actes o conductes personals que siguin objecte de sanció penal en el vigent ordenament o que puguin ser considerades indignes i per decidir en els procediments establerts per l'article 25 i concordants. La persona afectada no pot prendre part en la votació de les resolucions que es refereixen a ella.

c) Mitjançant el sistema electrònic, si ho acorda expressament la Mesa. En aquest cas ha de prendre les mesures necessàries perquè no quedi constància del sentit del vot individual.

2. En les votacions secretes mitjançant paperetes o boles els diputats són cridats nominalment perquè dipositin en la corresponent urna les paperetes o les boles. En les votacions que utilitzen boles, cada diputat i diputada rep una bola blanca i una de negra i ha de dipositar a l'urna destinada a aquesta finalitat la bola blanca si aprova o la negra si desaprova; la bola sobrant ha de ser dipositada a l'altra urna. Les urnes han de garantir el secret de la votació.

3. Les eleccions i les designacions que corresponen al Parlament es poden efectuar per assentiment o pel procediment establert per l'apartat 1.c, si el nombre de candidats presentats és igual al nombre de candidats a proveir.